ich muss dir zustimmen, die Schwingungen bei dir kommen nicht wie ChristianK sagt von der Überschneidung sondern angeregt durch die Beschleunigung und Abbremsung der Gassäule beim Öffnen und schließen der Ventile.
Das ist grundsätzlich immer die stärkere Schwingung. Rückströmung durch große Überschneidung usw ist nur eine kleinerer Schwingungsanteil.
Auch hab ich von einer Rückstromdrossel am Ventil noch nie was gehört, Google konnte mir auch nicht weiter helfen.

Hast du mal den MAF weiter weg gesetzt? Würde das als erstes mal machen, alles andere macht keinen Sinn.
Und dann noch ein anderer Punkt: Du willst so sparsam wie nur möglich fahren und fährst semi-sequentiell?
Auf vollsequentiell mit richtigem Eisntellen der Einspritzzeitpunkte holt da gut was. Aber ist eine langwierige Sache. Letztendlich fährt man einen Lastpunkt und verstellt den Zeitpunkt so, bis das Gemisch maximal fett ist. dann den nächsten Punkt usw.
Gerade was den Verbrauch angeht, macht es schon Sinn mit dem voll-sequentiell. Mag für die meisten hier im Forum egal sein, bei mir hat es aber fast einen Liter Verbrauch ausgemacht und ich hatte auch auf semi schon die Zeitpunkte verbessert. (Fahre meinen Turboumbau mit weniger Verdichtung deutlich unter dem Verbrauch mit Serienmotor)